El programa académico de la Maestría en Ciencias en Matemáticas del Departamento de Matemáticas del CUCEI es un programa de tiempo completo, de modalidad escolarizada con enfoque a la investigación. Incluye las dos principales áreas de las matemáticas en sus líneas de investigación. A saber:
1. Matemáticas básicas o abstractas
2. Matemáticas aplicadas
El programa está planeado para terminarse en cuatro períodos lectivos semestrales.